V dobe virtualizace uz neni duvod se srat s takovyma vecma. Kdysi mi (tusim) suselinux rozjebal cely disk, kdyz linuxovou partisnu vytvoril az za fyzicky rozsah disku. Ve windows, natoz v linuxu se s tim uz nedalo nic delat, proste vsechny nastroje padaly. Az pak po par letech nejaky partition magic to opravil, takze byla partisna zas pouzitelna.
Kazdopadne jsou tu veci jako testdisk pripadne UBCD, takze jsem si zatim s testdiskem a diskpartem vystacil na vse:)

EDIT: Aha, uz to vidim, on ten gparted je vlastne takove UBCD a obsahuje i testdisk, tak to pak jo.

Přesnou odpověď neznám, ale mohli to dělat z důvod zarovnání NTFS na nějaké násobky něčeho (třeba právě toho 1MB).

Zvláštní je, že když naformátujete předem vytvořený oddíl na NTFS, tak s tím Windows neumí pracovat, s tím jsem se nikdy nesetkal, naopak mám mnoho oddílů NTFS přes celý disk, ale gpt a oddíl jsem vytvářel jinde.

Ono je taky problém, že se trochu směšují pojmy jako oddíl a souborový systém. Přitom jsou to různé věci, oddíl vyhrazuje pouze místo na disku (velikost a offset), a zda v tom oddílu bude nějaký fs (z té nabídky různých), nebo to bude skutečně jen velké místo na disku (/dev/sdX2) a bude se k němu přistupovat přímo, je už celkem jedno.

Windows bohužel spojují vytvoření oddílu a vytvoření FS do jednoho kroku. I to může mít důvod, proč velikost oddílu je taková jaká je.

PS: Napadá mě, že ten váš problém nesouvisí s velikostí oddílu, ale s jeho typem. V linux tam mohl být typ linux (0x83), zatímco windows očekávají 0x07. Což je snadno opravitelné v jakémkoliv nástroji.