Ještě tu ani nemáme pořádně čipsety s podporou PCI Express 2.0 (i když prakticky klepou na dveře) a už organizace PCI-SIG hovoří o třetí generaci. V rychlosti si připomeňme, že stávající PCI Express disponuje přenosovou rychlostí 2,5 GT/s (převedeno do reálu 250 MB/s na jednu PCI Express linku) a PCI Express 2.0 přijde s dvojnásobkem. Asi byste očekávali, že PCI Express 3.0 ještě zdvojnásobí rychlost oproti PCI Express 2.0. Pravdou je, že o tom experti z PCIe Electrical Workgroup půl roku jednali a analyzovali jak rychlost 10 GT/s, tak 8 GT/s. Nakonec se rozhodli doporučit právě 8 GT/s, přičemž zohledňovali složitost implementace, plochu potřebného čipu a v neposlední řadě i jeho spotřebu. Podle nich lze ještě 8 GT/s vytvořit za přijatelnou cenu existující technologií se stávajícími materiály a zachovat přitom zpětnou kompatibilitu.

Nakonec však přeci jen bude PCI Express 3.0 dvakrát tak rychlá jak PCI Express 2.0. Alespoň to tvrdí zástupci PCI-SIG. Podle nich z PCI Express 3.0 totiž odpadne kódovací schéma 8b/10b, které je u předchozích generací a které dělá 20 % hrubého datového toku. PCIe 3.0 namísto toho přinese mnohé optimalizace na straně signálů a zajištění integrity dat, mezi něž patří zrovnoprávnění vysílačů a přijímačů, vylepšení v PLL, jistá míra obnovy časovacích dat a kanálová vylepšení pro současně podporované topologie. Do finální specifikace PCIe 3.0 však zbývá ještě hodně práce a nemálo času, podle odhadů PCI-SIG by mohla být hotova včetně aktualizací form-factor specifikací (stručně řečeno fyzického provedení) koncem roku 2009. Hotové produkty by se pak mohly začít objevovat v průběhu roku 2010, nicméně s větším rozšířením počítejte ještě tak o rok později.