V této verzi toho moc nového není. Auto Insert Notification je ve Windows 2000 a XP vypnut u všech CD-ROM mechanik (i DVD-ROM) a vypalovaček při spuštěném CloneCD. Přidána podpora pro CD-Writer MITSUMI 48XA. Odstraněn problém kompatibility ElbyCDIO ve Windows NT/2000/XP. CloneCD 3.3.3.1 najdete na naší stránce o něm, kde je také celá historie i popis programu.