Microsoft byl upozorněn na fakt, že backup vytvořený ve Windows Serveru 2003 není zpětně kompatibilní se staršími verzemi. Je to způsobenou drobnou změnou formátu, kterým jsou data zapisována na pásku, alespoň podle zástupců Microsoftu. Zatímco pásky nahrané ve starších systémech jsou čitelné ve Windows Serveru 2003, ale opačně to možné není. Možná si říkáte, že žádný problém, jenže on to problém je. Především pro větší společnosti, které budou mít vedle Windows Serveru 2003 i nějaké ty starší systémy (Windows 2000 a Windown NT). Když by se odporoučel systém s Windows Serverem 2003 do věčných lovišť a bylo by zapotřebí obnovit data na starších systémech...

Sám Microsoft to také vnímá jako problém a prý již připravuje nápravu, kterou by měl do světa pustit velmi brzy. Celý problém se týká pouze programu NTBackup.exe, který se dodává společně s Windows systémy. Ten nyní zapisuje data v 64kB blocích, kdežto dřívejší verze zapisovaly 32kB bloky.