Ovladače Joy-Con je možné uchytit na tabletovou část konzole nebo používat odděleně. Jsou navržené taky, aby každý mohla využívat jiná osoba a do hry tak zapojily více osob. Jenže právě v tom je zádrhel. Jakmile se ovladače používají odděleně, kdy fungují bezdrátově, dochází k výpadkům synchronizace. Na problém poukázala prominentní herní média, která získala přístup k hardwaru jako první.

Následně potíže potvrdili i Jason Schreier z Kotaku a Jose Otero z IGN, byť každý ve trochu jiném rozsahu. Oba autoři se shodují, že k výpadkům synchronizace dochází u levého ovladače. Liší se ovšem četnost. Otero problém zaznamenal dva- až třikrát během dvaceti hodin herního času. Podle Scheriera je ovšem tak častý, že prakticky znemožňuje smysluplné použití tohoto ovladače a raději přesedlal na ovladač Pro Controller.

Trochu jinak problém popisuje GameXplain, který na svém YouTube kanálu vysvětluje, že k výpadkům dochází, pokud se jakýkoli objekt dostane mezi ovladač na konzoli. Zda je tedy spíše problém v příliš slabém signálu než samotných výpadcích synchronizace - nebo jde o dva paralelní problémy s podobnými projevy, zatím není jasné.

Než se Nintendo k situaci vyjádří, nelze majitelům než doporučit použití ovladače Pro Controller, případně dávat důsledně pozor, aby se do dráhy mezi ovladač a konzoli nedostalo nic, co by mohlo způsobit výpadek signálu.