HT 3.0 přichází oproti verzi 2.0 s vyšší rychlostí. Zatímco hodinový takt HT 2.0 je 1,4 GHz, HT 3.0 zvyšuje až na 2,6 GHz (zvládne také 2,4 GHz, 2,0 GHz a 1,8 GHz). Jeden HT link se tak dostává na rychlost 166,4 Gbit/s (20,8 GB/s), celková propustnost je pak 41,6 GB/s, což je bezmála o 86 % více oproti HT 2.0.

Vedle „DC režimu“, který doznal také některých drobných vylepšení, podporuje HT volitelně „AC režim“, který umožňuje propojení na delší vzdálenosti (mezi zařízeními jsou pak na spoji spojující kondenzátory). Slovo tak možná konečně dostanou HTX konektory, díky kterým bude možné např. spojovat více systémů do clusteru přímo přes HyperTransport. Délka komunikačního kanálu může být i na nejvyšší frekvenci až 1 metr, s rostoucí vzdáleností se však budou zvyšovat i latence a snižovat celková propustnost. Detekce použití AC či DC režimu je automatická (v závislosti na tom, zda jde o přímé propojení, nebo jsou vřazeny spojovací kondenzátory).

Další zajímavou vlastností je podpora „hot plug“, tedy připojitelnost a odpojitelnost zařízení do/z HyperTransportu za chodu aniž by se tak narušil chod systému.

Některým výrobcům se pak může hodit i možnost 16bitové HT linky rozdělovat na dvě virtuální 8bitové, z čehož se dá těžit např. v SMP (Symetric MultiProcessing) prostředích (tedy např. větší škálovatelnost co do počtu procesorů v jednom systému bez nutnosti řešit jejich spojení nějakými dalšími můstky). A konečně podporuje HT 3.0 také Power Management, který dovoluje připojeným zařízením dynamicky optimalizovat spotřebu energie.