Oproti původním plánům se v Longhornu neobjeví „WinFS“, který v době vydání tohoto systému bude teprve v Beta fázi. Jeho finální verze se má objevit až později (v roce 2007, tedy by měl být již součástí serverové verze Longhornu). Microsoft se tímto ořezáváním vyhýbá dalšímu oddalování zatím nejoddalovanějšího systému v historii firmy.

Okolo WinFS stále není úplně jasno. Microsoft totiž slibuje do Longhornu zabudovat velmi důkladné a podrobné vyhledávání dat, které bude pravděpodobně s WinFS souviset, přesněji řečeno mu bude hodně podobné. Vyhledávání se však bude týkat pouze dat na lokálním počítači, přičemž WinFS si zakládá na tom, že bude moci (v souvislosti s vylepšenou NTFS) hledat takové informace i v síti (samozřejmě za předpokladu, že k nim budete mít na ostatních stanicích potřebná práva pro přístup). Neví se, zda i pro lokální data Longhorn umožní veškeré možnosti vyhledávání, které by WinFS měl nabídnout.

Dále Microsoft oznámil, že některé součásti Longhornu budou v době jeho uvedení dostupné také pro stávající systémy Windows XP a Windows Server 2003. Půjde o části WinFX známé pod názvy Avalon a Indigo, tedy 3D grafické rozhraní a nový komunikační subsystém. V XPčkách se tedy můžete těšit na to, že si budete moci „házet okny v prostoru“. WinFS však pro tyto starší systémy určen nebude.

Další zásadní změnou je základ, na kterém bude Longhorn postaven. Původně byl vyvíjen na základě Windows Serveru 2003, nyní Microsoft vyvíjí Longhorn na bázi Windows XP SP2.