To ale trochu predbieham, medzitým LGS stihli vydať ešte Flight Unlimited 3, a samozrejme System Shock 2 - pokračovanie prvej kyberpunkovej legendy. Dvojka voľne nadväzuje na jednotku, prináša nový RPG systém, 3D akceleráciu o ktorú sa stará upravený Dark Engine, a znova zaťahuje hráča do zakrvavených, potemnelých chodieb poškodenej vesmírnej lode plnej mŕtvych tiel, zmutovaných členov posádky, samovražedných droidov, kybernetických zabijakov a inej hávede, ktorej budete najprv musieť porozumieť, a až potom ju budete vedieť elegantne poslať k zemi. Na vašej osamelej ceste vás bude opäť sprevádzať kopa zbraní, implantátov a iných predmetov, nedostatok munície, technické (a aj psionické) schopnosti, hackovanie, už osvedčené audiology s ľudskými hlasmi (ktoré postupne prestávajú byť ľudské) plnými beznádeje a strachu, ale aj duchovia, telepatický spev kolektívneho vedomia mutantov, a dostaví sa aj stará známa šialená umelá inteligencia z prvého dielu (je nepriateľ môjho nepriateľa môj priateľ, alebo nepriateľ?).

Atmosféru dotvára skvelé ozvučenie, či už sa jedná o zvuky vydávané prítomnou faunou a flórou, alebo o hudbu, ktorá je skutočným umeleckým dielom. Napriek pozitívnym ohlasom v dobových recenziách ale hra nebola až takým komerčným úspechom, ako napríklad Thief: The Dark Project. V každom prípade, podobne ako System Shock, aj druhý diel si svoje miesto v histórii našiel, a takmer vždy sa v zoznamoch najlepších hier všetkých čias umiestňuje na vysokých priečkach.

Po System Shocku 2 a Flight Unlimited 3 ešte prišiel už spomenutý Thief 2: The Metal Age, ktorý bol síce úspešný (nepoznám inú hru ktorú komunita tak dlho udržiava pri živote, množstvo fanmade misií je neuveriteľné, existuje dokonca aj plnohodnotný datadisk - T2X: Shadows of the Metal Age), LGS ale nezachránil - a začiatkom roka 2000 pre nedostatok financií ukončili svoju činnosť. Spôsobilo to niekoľko faktorov - prispel komerčný neúspech niektorých hier, problémy s vydavateľmi, Eidos ktorý nebol schopný finančne pomôcť aj keď to prisľúbil (áno, Romero a jeho predražená Daikatana), ale aj Microsoft, ktorý odstúpil od kontraktu na Deep Cover, čo mala byť nová špionážna hra z prostredia studenej vojny. 

Skrátka, keď sa pokašle naraz viac vecí, nezávislé štúdio to proste nemusí ustáť, a presne to sa aj stalo.. Vývojári z LGS ale nezmizli - iba prešli do iných tímov, a ich ďalšia práca nám priniesla také pecky ako Deus Ex alebo Bioshock, a v neposlednej rade aj Thiefa 3 (mimochodom, pôvodný Thief 3 vyvíjali v LGS tesne predtým ako skončili, z tých niekoľkých kusých informácií ktoré sa dajú nájsť v zaprášených kútoch internetu sa dá vyčítať, že mal používať Siege Engine, čo mala byť nová verzia Dark Enginu optimalizovaná pre hw rendering). Za chvíľu je tu aj Dishonored.. Odkaz LGS v podobe inteligentných hier, ktoré vyžadujú, aby hráč pohol rozumom, pretrval dodnes.